Bayern München führte seit dem fünften Spieltag die Tabelle an, einmalig unterbrochen vom VfB Stuttgart nach dem 10. Spieltag. Als einzige ernstzunehmende Konkurrenz im Laufe der Saison erwies sich der 1. FC Köln, der unter Trainer Christoph Daum seine beste Saison seit der Meisterschaft 1977/78 spielte und nach dem 29. Spieltag bis auf einen Punkt an die Bayern herankam. Dies erfolgte nach einer 0:2 Niederlage der Münchner bei den Stuttgarter Kickers. Köln schlug Dortmund 2:0. Danach vergrößerte sich der Vorsprung wieder. Köln spielte nur 2:2 in Hannover, Bayern gewann knapp gegen St. Pauli. Am 25. Mai kam es zu einem richtigen Endspiel in Köln. Bis zur 80. Minute stand es 1:1. Kölns Trainer Daum wollte die Entscheidung und nahm Kohler vom Feld. Roland Wohlfahrt schoß noch 2 Tore - Bayern war Meister. Zwei Spieltage vor Saisonende war der Vorsprung auf fünf Punkte angewachsen, womit die Münchner bereits zu diesem Zeitpunkt als Meister feststanden.
In der Relegation spielten der Tabellensechzehnte der 1. Bundesliga und der Tabellendritte der 2. Bundesliga um den letzten freien Platz für die nächste Saison der 1. Bundesliga.
Eintracht Frankfurt - 1. FC Saarbrücken
2:0
21. Juni 1989
1. FC Saarbrücken - Eintracht Frankfurt
2:1
25. Juni 1989
Eintracht Frankfurt verbleibt in der 1. Bundesliga.
Kreuztabelle
Die Kreuztabelle stellt die Ergebnisse aller Spiele dieser Saison dar. Die Heimmannschaft ist in der linken Spalte aufgelistet und die Gastmannschaft in der obersten Reihe.
Das Spiel vom 15. Spieltag Karlsruher SC - Borussia Mönchengladbach (3:1) wurde am 21. Dezember 1988 vom DFB annulliert. Der Spieler Christian Hochstätter war von einem Wurfgeschoss getroffen worden und musste ausgewechselt werden. Am 19. Januar 1989 wurde das Urteil in zweiter Instanz bestätigt. Neben der Spielwiederholung wurde gegen Karlsruhe eine Stadionsperre für ein Spiel verhängt. Das Spiel Karlsruhe - Hannover (2:0) am 18. Februar 1989 fand daher in Heilbronn statt. Das Wiederholungsspiel zwischen Karlsruhe und Mönchengladbach fand am 22. Februar 1989 in Karlsruhe statt und endete 2:2.